Madoka Kaname y Sayaka Miki son chicas normales de secundaria con vidas regulares, pero todo eso cambia cuando se encuentran con Kyuubey, un familiar mágico parecido a un gato, y Homura Akemi, la nueva estudiante transferida. Kyuubey les ofrece una propuesta: él les concederá cualquiera de sus deseos y, a cambio, se convertirán en una niña mágica, obteniendo suficiente poder para cumplir sus sueños. Sin embargo, Homura Akemi, una niña mágica, les insta a no aceptar la oferta, afirmando que no todo es lo que parece.