En 1972, un estudiante popular en la clase 3-3 de la escuela secundaria Yomiyama North llamada Misaki falleció durante el año escolar. Desde entonces, la ciudad de Yomiyama ha estado envuelta en una atmósfera temerosa, desde los oscuros secretos ocultos en lo profundo. Veintiséis años después, Kouichi Sakakibara, de 15 años, se transfiere a la clase 3-3 de Yomiyama North y poco después descubre que un estado de ánimo extraño y sombrío parece colgarse de todos los estudiantes. También se siente atraído por la misteriosa estudiante que lleva gafas, Mei Misaki; sin embargo, el resto de la clase y los maestros parecen tratarla como si no existiera. Sin prestar atención a las advertencias de todos, incluida Mei, Kouichi comienza a acercarse no solo a ella, sino también a la verdad detrás del espantoso fenómeno que afecta a la clase 3-3 de Yomiyama North.